به منظور توسعه فعالیت ها و حرکت به سمت تولید صنعتی، سازماندهی جدیدی در نیلپر صورت گرفت. این سازماندهی، تحقق دیدگاه توسعه‌ای که مد نظر مجموعه بود را امکان‌پذیر می‌کرد. برای این منظور، واحدهای جدیدی از جمله طراحی و مهندسی صنایع، شکل گرفتند. در سال ۱۳۸۱ عمده تمرکز شرکت نیلپر بر روی اصلاح و توسعه سیستم‌ها بود. از سال ۱۳۸۱ به بعد، به تدریج این شرکت، آموزش‌های وسیعی را در موضوعات مختلف، آغاز کرد. با پشت سر گذاشتن این آموزش‌ها، از سال ۱۳۸۲، نیلپر به دانش مدیریت استراتژیک احاطه یافت و واحدهای شرکت، استراتژی های مشخص و مدونی را به کار بردند. به تدریج در آن سال، محل تولید با کمک و هم فکری مشاورین، تغییر یافت و کارخانه وسیع و مجهزی در شهرک بهارستان، تأسیس شد. به این ترتیب، از یک مکان با مساحت حدودی۲۰۰۰ متر مربع، به کارخانه‌ای با وسعت ۳۶۰۰۰ متر مربع با حدود ۵۰۰۰ متر مربع سوله، نقل مکان انجام شد. در کلیه امور مرتبط به این انتقال، اعم از مکان‌یابی و تأسیس کارخانه، اصول علمی مورد تأکید مشاوران در نظر گرفته شد.
